1942. a. augustis rajas Saksa Julgeolekupolitsei ja SD Harju maakonda, Tallinnast umbes 25 km ida pool asunud endisesse Eesti sõjaväe Jägala suvelaagrisse juutidele mõeldud laagri. Laagri vahetu juhtimine oli allutatud Saksa julgeolekupolitsei eestlastest ametnikele, ka valvuriteks olid värvatud eestlased. Jägala laager rajati ajutisena, ega olnud ette nähtud kinnipeetavate pikaajaliseks majutamiseks ja tööle rakendamiseks.
5. septembril 1942 saabus Jägala laagri läheduses olevasse Raasiku raudteejaama Tšehhoslovakkiast Terezini (Theresienstadt) getost transport 1002 juudiga. Teine transport kokku 1049 (teistel andmetel 1089) Frankfurdist ning Berliinist pärit juudiga 1942 jõudis Raasiku jaama 30. septembril.
Raasiku raudteejaamas selekteerisid julgeolekupolitsei esindajad saabunute hulgast välja kokku ca 400 nooremat, kes saadeti Jägala laagrisse. Sadakond Saksamaalt saabunud meest saadeti sama rongiga kohe tagasi Riiga.
Ülejäänud, kokku ligi 1600 inimest, hukati juba saabumise päevadel läheduses paiknenud Kalevi-Liiva polügoonil. Hukkamine toimus Saksa julgeolekupolitsei juhtivate ametnike ja julgeolekupolitsei teenistusse värvatud eestlaste osalusel. Samas kohas hukati okupatsiooni aastatel ka osa kohalikke mustlasi. Hukatute laibad põletati 1944. aastal enne Saksa vägede lahkumist Eestist.
Jägala laagrisse viidud kinnipeetavad tegelesid esialgu saabunuilt ära võetud pagasi sorteerimisega ning käisid väiksemate gruppidena väljaspool laagrit ehitus-, metsa- ning põllutöödel. Haigestunud või laagri juhtkonnaga konflikti sattunud juute hukati ka edaspidi Kalevi-Liiva polügoonil.
Jägala laagri tegevus lõppes 1. septembriks 1943, mil viimased kinnipeetavad viidi üle Tallinna keskvanglasse. Naised suunati sealt edasi Vaivara koonduslaagrisse, kuid meeste edasine saatus on teadmata.
1942. aasta septembris Jägala laagrisse toodud enam kui kahest tuhandest juudist elas teadaolevalt sõja üle 74 inimest.